Άφιξη και η ενθρόνιση του Μητροπολίτη Χρυσόστομου Καλφάτη στη Μητρόπολη Δράμας και Ζιχνών, 22 Ιουλίου 1902
Η άφιξη και η ενθρόνιση του Αγίου Χρυσοστόμου στη Δράμα έγινε στις 22 Ιουλίου 1902. Ως πρώτο μέλημά του έθεσε την ενίσχυση της Ελληνικής Κοινότητας, των φιλεκπαιδευτικών σωματείων και των Ελληνικών σχολείων.
Με πρωτοβουλία του ανεγέρθηκε πληθώρα ελληνικών σχολείων όπως το καλλιμάρμαρο Γυμνάσιο Αρρένων Δράμας με σχήμα κάτοψης Ε, συμβολίζοντας τη λέξη Ελλάδα και Ελευθερία. Επίσης, με ενέργειες του Μητροπολίτη Δράμας Χρυσοστόμου κτίσθηκαν τα Εκπαιδευτήρια Δράμας το 1907.
Το κτίριο θεμελιώθηκε το 1907 και οι εργασίες περατώθηκαν το 1909, κατά τη δεύτερη περίοδο αρχιερατείας του Χρυσοστόμου στη Δράμα, έπειτα από πολλές διακοπές και παρεμβάσεις από την οθωμανική διοίκηση. Η δαπάνη ανέγερσης καλύφθηκε από την οικογένεια Μελά, από προαιρετικές εισφορές των κατοίκων της Δράμας, αλλά και από ενοίκια της ακίνητης περιουσίας της μητρόπολης Δράμας, ενώ στην ανέγερση βοήθησαν τεχνίτες της περιοχής. Στο κτίριο, με σχήμα κάτοψης Π με σαφή αναφορά στη λέξη Πατρίδα, στεγαζόταν παρθεναγωγείο και αρρεναγωγείο.
Ταυτόχρονα ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος πραγματοποιούσε περιοδείες στις ελληνικές κοινότητες που δέχονταν τη βουλγαρική πίεση και προπαγάνδα, όπως η Προσοτσάνη και ο Βώλακας. Οι Βούλγαροι επιχειρούσαν συστηματικά με απειλές, βιαιότητες και δολοφονίες να εξαναγκάσουν τους Έλληνες να προσχωρήσουν στη βουλγαρική Εξαρχία. Και αυτό γιατί η εκκλησιαστική ενσωμάτωση των κατοίκων μιας περιοχής ήταν ο πρόδρομος της εδαφικής προσάρτησής της, όταν αργότερα θα διαλυόταν η Οθωμανική Αυτοκρατορία.
Κατά την περίοδο της αρχιερατείας του αντιμετώπισε τις τρομοκρατικές ενέργειες του βουλγαρικού κομιτάτου καθώς και την τότε ρουμανική προπαγάνδα και ανέπτυξε έξοχη εθνική δράση, συγκρατώντας τους πεπλανημένους, ενθουσιάζοντας τους λιγόψυχους και αναλαμβάνοντας ο ίδιος τη διεύθυνση του Αγώνα κατά των Βουλγάρων κομιτατζίδων.
Ο Χρυσόστομος ανέπτυξε συνεργασία με τη Δημογεροντία της Δράμας και οργάνωσε σώματα Μακεδονομάχων, ντόπιων αλλά και προερχόμενων από άλλες περιοχές του Ελληνισμού. Επίσης, η αλληλογραφία του Χρυσοστόμου με τον Οικουμενικό Πατριάρχη, τους Προξένους αλλά και τις Ελληνικές Αρχές, ήταν συνεχής με σκοπό να γίνουν γνωστά τα μαρτύρια των Ελλήνων της Μακεδονίας, από τους κομιτατζήδες, και να συγκεντρωθεί η απαραίτητη βοήθεια.
Παράλληλα, έκτισε μεγαλοπρεπή Ναό στη Δράμα, μέγαρο Μητροπόλεως, σχολές αρρένων και θηλέων, νοσοκομείο και γυμναστήριο ενώ ίδρυσε και μουσικούς ομίλους. Επίσης φρόντισε για την ανέγερση οικιών για τους καπνεργάτες, ιδρύοντας και πολλά φιλανθρωπικά καταστήματα, ορφανοτροφεία, γηροκομεία και άλλα κοινωφελή καθιδρύματα. Η εθνική αυτή δράση του Χρυσοστόμου ανησύχησε την τουρκική διοίκηση, η οποία και αναφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη, επιτυγχάνοντας την ανάκλησή του από Μητροπολίτη τον Οκτώβριο του 1907.
Διασώζεται το γεγονός πως ο Χρυσόστομος αναχώρησε από τη Δράμα συνοδευόμενος έως το σιδηροδρομικό σταθμό της πόλης από ολόκληρο τον ελληνικό πληθυσμό της. Ο Ιεράρχης μετέβη και παρέμεινε στην Τρίγλια, τη γενέτειρά του, στα παράλια της Μικράς Ασίας. Τον Ιούλιο του 1908 παραχωρήθηκε από τους Οθωμανούς γενική αμνηστία με την ανακήρυξη του Συντάγματος της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και έτσι ο Χρυσόστομος βρήκε την ευκαιρία να επιστρέψει στο ποίμνιό του στη Δράμα τον Αύγουστο του 1908.
Επί αρχιερατείας του Χρυσοστόμου Καλαφάτη, ο συνεργάτης του Θεμιστοκλής Χατζησταύρου, ως Αρχιδιάκονος και Πρωτοσύγκελλος της Ιεράς Μητροπόλεως Δράμας, διενήργησε ανασκαφές πίσω από την κόγχη του ιερού βήματος του βυζαντινού Ναού Αγίας Σοφίας Δράμας που λειτουργούσε τότε ως τζαμί, ύστερα από την άδεια, που του παραχώρησε ο τούρκος ιερωμένος της περιοχής, και βρήκε δισκοπότηρα, θυμιατά, κανδήλες και άλλα ιερά σκεύη, τα οποία τοποθέτησε στην Ιερά Μητρόπολη της Δράμας.
Επίσης εντόπισε στον αύλειο χώρο του ναού μαρμάρινη πλάκα, την οποία αναποδογύρισε και με έκπληξή του διάβασε την ακόλουθη ημικατεστραμμένη επιγραφή: «… ΕΝ ΚΟΥΡΟΠΑΛΑΤΟΥ ΑΛΕΞΙΟΥ ΤΕ ΦΗΜΗ ΤΟΥ ΜΑΝΙΑΚΗ. ΦΕΡΕΙ ΚΑΙ ΗΣ ΔΙΑΓΡΑΦΗΣ ΤΟΝ ΤΥΠΟΝ ΠΑΝΑΓΙΑ ΔΕΣΠΟΙΝΑ ΕΙΣ ΣΩΤΗΡΙΑΝ. ΕΝ ΤΗΣ ΒΑΣΙΛΕΙΑΣ ΜΑΝΟΥΗΛ ΚΟΜΝΗΝΟΥ». Την επιγραφή αυτή ο Θεμιστοκλής Χατζησταύρου τη δημοσίευσε στην εφημερίδα «Αλήθεια» της Θεσσαλονίκης. Ο Μητροπολίτης Χρυσόστομος με τον π. Θεμιστοκλή Χατζησταύρου επέδειξαν μέριμνα ώστε να περισώσουν όσο το δυνατόν περισσότερες αρχαιότητες από την κλοπή και την καταστροφή. Έτσι ενεργούσαν για τη συγκέντρωση, διαφύλαξη και δημοσίευση των επιγραφών καθώς θεωρούσαν πως οι λίθοι οι ενεπίγραφοι (επιγραφές) ήταν αψευδείς μάρτυρες της ελληνικότητας της Μακεδονίας.
Το 1909 κτίσθηκαν με πρωτοβουλία του Χρυσοστόμου τα Εκπαιδευτήρια στην Προσοτσάνη Δράμας, όπου συστεγάστηκαν η Αστική Σχολή Αρρένων και το Παρθεναγωγείο.
Η ακατάπαυστη δραστηριοποίηση του Χρυσοστόμου σε όλα τα επίπεδα για την προάσπιση του Ελληνισμού ενάντια στις βιαιότητες των Κομιτατζήδων για τον εκβουλγαρισμό του, οδήγησε για μια ακόμη φορά, να του απαγορεύσουν τις επισκέψεις στα χωριά της Δράμας.
Οι συνεχείς συγκρούσεις Ελλήνων και Βουλγάρων αποδίδονται από τους Άγγλους παρατηρητές αλλά και τους Οθωμανούς, στον Χρυσόστομο. Έτσι, Οθωμανοί και Βούλγαροι βρήκαν αφορμή για μια ακόμη φορά να ζητήσουν την απομάκρυνσή του με τη δικαιολογία των τουρκικών αρχών ότι η παρουσία του Χρυσοστόμου προκαλεί τη διασάλευση της τάξης.
Τελικά πέτυχαν τη δεύτερη και οριστική απομάκρυνσή του Χρυσοστόμου από τη Δράμα τον Ιούνιο του 1909. Ο Ιεράρχης μετέβη και πάλι εξόριστος στη γενέτειρά του.
Διετέλεσε Μητροπολίτης Δράμας, Φιλίππων και Ζιχνών μέχρι το 1910