Ο Αθανάσιος Πιπέρας γεννήθηκε το 1876 στα Αλάτσατα της Μικράς Ασίας. Σπούδασε τη Θεολογία στην Θεολογική Ακαδημία Κιέβου. Διετέλεσε Διευθυντής της Θεολογικής Σχολής του Σταυρού Ιεροσολύμων, Αρχισυντάκτης του περιοδικού "Εκκλησιαστική Αλήθεια" (Μάρτιος 1901-1902), Υπογραμματέας της Ιεράς Συνόδου (16 Μαΐου 1902-Οκτώβριος 1906) και Αρχιγραμματέας της Ιεράς Συνόδου του Οικουμενικού Πατριαρχείου (Οκτώβριος 1906-Μάιος 1909). Πρεσβύτερος χειροτονήθηκε στις 9 Οκτωβρίου 1905 από τον Οικουμενικό Πατριάρχη Ιωακείμ τον Γ΄. Στις 26 Οκτωβρίου 1905 έλαβε το οφίκιο του Αρχιμανδρίτη. Στις 17 Μαΐου 1909 χειροτονήθηκε στον Πατριαρχικό Ναό του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι της Κωνσταντινουπόλεως Μητροπολίτης Σερρών. Τη χειροτονία τέλεσε ο Οικουμενικός Πατριάρχης Ιωακείμ ο Γ΄, συμπαραστατούμενος από τους Μητροπολίτες Νικομηδείας Φιλόθεο, Πισιδίας Κωνσταντίνο, Διδυμοτείχου Φιλάρετο, Αγκύρας Σωφρόνιο, Χίου Κωνσταντίνο, Βάρνης Νεόφυτο, Σωζοαγαθουπόλεως Δωρόθεο, Ελασσώνος Πολύκαρπο, Προικοννήσου Σωφρόνιο, Ηλιουπόλεως Ταράσιο και Σαράντα Εκκλησιών Άνθιμο. Εκοιμήθη στις Σέρρες στις 16 Αυγούστου 1909 κατόπιν οξείας και συντόμου ασθενείας.
Ο Μητροπολίτης Σερρών, Αθανάσιος Πιπέρας, γεννήθηκε το 1876 στην Κάτω Παναγιά της επαρχίας Κρήνης στη Μικρά Ασία. Ο πατέρας του, Κωνσταντίνος, απεβίωσε όταν ο Αθανάσιος ήταν ακόμη διάκονος στην Κωνσταντινούπολη, το Μάρτιο του 1902. Η "Εκκλησιαστική Αλήθεια" αναφέρει με λύπη τον θάνατο του Κωνσταντίνου Πιπέρα, πατέρα του αρχισυντάκτη ιερολογίου Αθανασίου Πιπέρα, και σημειώνει ότι η ιερολογιότητά του επέστρεψε στην Κωνσταντινούπολη μετά από δύο εβδομάδες απουσίας.
Η μητέρα του και ο ανιψιός του, Ιωάννης Μεριδάς, τον ακολούθησαν αργότερα, το 1909, στη Σερρών, όταν αναγορεύθηκε Μητροπολίτης. Ο Αθανάσιος είχε δύο αδέλφια, τον Νικόλαο, έμπορο στη Σμύρνη, και τον Κρίτωνα, καθώς και μια αδελφή. Ωστόσο, δεν υπάρχουν περισσότερες πληροφορίες για την οικογένεια του.
Οι γυμνασιακές του σπουδές ολοκληρώθηκαν στη Χίο. Αργότερα, σπούδασε στη Θεολογική Σχολή της Χάλκης, αλλά η φοίτησή του διακόπηκε λόγω του σεισμού της 28ης Ιουνίου 1894, που κατέστρεψε τη σχολή. Αν και η σχολή επαναλειτούργησε τον Οκτώβριο του 1896, ο Αθανάσιος συνέχισε τις σπουδές του στην Ορθόδοξη Θεολογική Ακαδημία του Κιέβου, όπου έμεινε για τέσσερα χρόνια και αναγορεύθηκε Magister. Η σπουδαία διατριβή του σχετικά με τον Άγιο Ευστάθιο Θεσσαλονίκης του απέφερε το χρυσό μετάλλιο της Ακαδημίας και χίλια χρυσά ρούβλια. Παρόλο που του προσφέρθηκε θέση καθηγητή, ο Αθανάσιος την απέρριψε και δίδαξε στη Σχολή του Τιμίου Σταυρού στα Ιεροσόλυμα κατά την περίοδο 1898-1899. Στη συνέχεια, σπούδασε στη Βέρνη της Ελβετίας, εστιάζοντας στα δυτικά θεολογικά συστήματα και συγγράφοντας δύο έργα: «Περί του χαρακτήρα του Προτεσταντισμού» και «Η κρίση για τους Παλαιοκαθολικούς».
Η ευρυμάθεια του Αθανασίου Πιπέρα ήταν αξιοσημείωτη. Ήταν πολυγλωσσος, ικανός να απαγγέλλει ευαγγελικές περικοπές σε πολλές γλώσσες, όπως Γαλλικά και Γερμανικά, και είχε σπουδάσει Σερβικά και Ρωσικά. Ο Πατριάρχης Ιωακείμ Γ΄ τον εκτιμούσε ιδιαίτερα για την επιστημονική του κατάρτιση και τον διοργάνωσε σε σημαντικές αποστολές του Οικουμενικού Πατριαρχείου, ειδικά σε διαθρησκειακούς διαλόγους.
Το 1902, ο Πατριάρχης Ιωακείμ Γ΄ εξέδωσε εγκύκλιο προτείνοντας διάλογο με Ρωμαιοκαθολικούς και Αγγλικανούς, με στόχο την ένωση των χριστιανών μέσω επιστροφής των ετεροδόξων στην Ορθοδοξία. Ο Αθανάσιος Πιπέρας συνέβαλε ενεργά σε αυτούς τους διαλόγους, εκδίδοντας έργα που αναδείκνυαν τις θέσεις της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
Εκτός από τις ακαδημαϊκές του επιδόσεις, υπηρέτησε ως αρχισυντάκτης της «Εκκλησιαστικής Αλήθειας» και υπογραμματέας της Ιεράς Συνόδου, ενώ εκπροσώπησε το Πατριαρχείο σε διάφορες ευρωπαϊκές αποστολές. Το 1905, επισκέφθηκε τη Σερβία και τιμήθηκε με τον χρυσό Σταυρό του Σωτήρος, ενώ το 1906, του απονεμήθηκε το παράσημο Γ΄ τάξεως του Αγίου Σάββα από τον Σέρβο βασιλιά Πέτρο Α΄.
Ο Αθανάσιος Πιπέρας συμμετείχε επίσης στη δημιουργία του Εκκλησιαστικού και Αρχαιολογικού Μουσείου του Πατριαρχείου και συνέβαλε στη σύνταξη Κυριακοδρομίου, αναγνωρίζοντας τη σημασία του για την πνευματική ενίσχυση των πιστών και την υποστήριξη των ιεροκηρύκων. Η συμμετοχή του σε επιτροπές και η συμβολή του στις αποφάσεις της Ιεράς Συνόδου ανέδειξαν τη σπουδαιότητά του στην Ορθόδοξη Εκκλησία.
Τον Αύγουστο του 1904, ο Αθανάσιος Πιπέρας, ως εκπρόσωπος του Οικουμενικού Πατριάρχη, συμμετείχε στο μνημόσυνο του Δημητρίου Μπάκιτς, πρώην επιτετραμμένου της Μαυροβουνίου, στην αυτοκρατορική Ρωσική Πρεσβεία στο Βαθυρρύακα. Στη θρησκευτική τελετή, ο ιερολογ. υπογραμματεύς της Ιεράς Συνόδου, κ. Αθανάσιος Πιπέρας, εκπροσώπησε την Α.Θ.Π. του Οικουμενικού Πατριάρχη, μεταφέροντας τις ευχές για την αναπαύση του αποθανόντος.
Η Ιερά Σύνοδος του Πατριαρχείου συνέστησε μια επιτροπή για την αναθεώρηση του κανονισμού του Ορφανοτροφείου Σμύρνης, στην οποία συμμετείχε και ο διάκονος Πιπέρας. Η επιτροπή αξιολόγησε και ανέβασε τον νέο κανονισμό προς έγκριση. Το 1905, ο Αθανάσιος Πιπέρας στάλθηκε ως έξαρχος στη Μητρόπολη Σμύρνης για να διευθετήσει ζητήματα του Ορφανοτροφείου, και η Ιερά Σύνοδος επιβεβαίωσε την επιτυχή ολοκλήρωση της αποστολής του μέσω των γραμμάτων του.
Τον Οκτώβριο του 1905, αναγνωρίζοντας τις υπηρεσίες του, το Οικουμενικό Πατριαρχείο προήγαγε τον Αθανάσιο Πιπέρα από υπογραμματέα σε Αρχιγραμματέα και τον χειροτόνησε πρεσβύτερο στον Πατριαρχικό ναό του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι. Κατά τη διάρκεια της αποστολής του στη Σμύρνη, ο ιεροδιάκονος Αθανάσιος Πιπέρας αντικαταστάθηκε από τον διάκονο Απόστολο Τρύφωνος. Η προαγωγή του Πιπέρα σε Αρχιγραμματέα συνοδεύτηκε από τη χειροτονία του σε πρεσβύτερο, που πραγματοποιήθηκε στις 9 Οκτωβρίου του 1905.
Εν μέσω των πολιτικών πιέσεων της Οθωμανικής Αυτοκρατορίας και των Νεότουρκων, το Οικουμενικό Πατριαρχείο αντιμετώπιζε πολλές προκλήσεις στη διαποίμανση των ορθοδόξων στη διασπορά. Ως αποτέλεσμα, το Πατριαρχείο αποφάσισε να αναθέσει την ευθύνη της διασποράς στην Εκκλησία της Ελλάδας, για να επωφεληθεί από την ελευθερία δράσης και την υποστήριξη των ελληνικών πρεσβειών. Το 1908, το Πατριαρχείο εξέδωσε τον Πατριαρχικό Τόμο, εκχωρώντας την πνευματική προστασία και εποπτεία των ορθόδοξων ελληνικών κοινοτήτων σε Ευρώπη και Αμερική στην Εκκλησία της Ελλάδας, εκτός από την Ορθόδοξη Εκκλησία της Βενετίας.
Ο Αθανάσιος Πιπέρας, ως Αρχιγραμματέας της Ιεράς Συνόδου, στάλθηκε στην Αθήνα τον Απρίλιο του 1908 για να παραδώσει τον Τόμο και τις επιστολές που σχετίζονται με την εκχώρηση της δικαιοδοσίας. Η αποστολή του στέφθηκε με επιτυχία, και ο Αθανάσιος τιμήθηκε με τον Χρυσό Σταυρό από την Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος.
Τον Οκτώβριο του 1904, ο Αθανάσιος Πιπέρας εκφώνησε τον επικήδειο λόγο για τον αρχιμανδρίτη Γερμανό Γρηγορά, πρώην διδάσκαλο και διευθυντή των Θεολογικών Σχολών στη Χάλκη και στην Ιερουσαλήμ. Η επιλογή του Πιπέρα για τον επικήδειο λόγο ενδέχεται να σχετίζεται με τη σύνδεσή του με τον Γρηγορά κατά τη διάρκεια των θεολογικών σπουδών του.
Ο Αθανάσιος Πιπέρας επίσης εκπροσώπησε τον Πατριάρχη Ιωακείμ στο Νιχώρι του Βοσπόρου για τη λειτουργία και το μνημόσυνο του Αλεξάνδρου Καραθεοδωρή. Επίσης, έδινε διαλέξεις στη Ροβέρτειο Σχολή.
Τον Οκτώβριο του 1907, ο Πατριάρχης Ιωακείμ Γ΄, λόγω προβλημάτων υγείας, είχε εγκατασταθεί στο Βαφεοχώρι, και η Ιερά Σύνοδος διευθυνόταν από τον μητροπολίτη Κυζίκου Αθανάσιο Μεγακλή. Ο Αθανάσιος Πιπέρας μετέφερε τις ευχές για ταχεία ανάρρωση του Πατριάρχη και στις 26 Οκτωβρίου του 1905, ο Πατριάρχης Ιωακείμ χειροτόνησε τον Αθανάσιο Πιπέρα σε Αρχιμανδρίτη. Ωστόσο, η πληροφορία για την ημέρα και τον τόπο της χειροτονίας τελικά ανατράπηκε, καθώς η πραγματική τελετή έγινε στον ναό του Αγίου Δημητρίου Κανάβη.
Ο Αθανάσιος Πιπέρας διακρινόταν για τις σημαντικές ομιλίες και διαλέξεις του. Ειδικότερα, η διάλεξή του στον Ελληνικό Φιλολογικό Σύλλογο Κωνσταντινουπόλεως την Κυριακή της Ορθοδοξίας, σχετικά με το Ιεροσολυμιτικό Ζήτημα, είχε μεγάλη σημασία.
Τον Απρίλιο του 1907, ο αρχιγραμματέας Αθανάσιος Πιπέρας, αφού έλαβε κανονική άδεια, κατευθύνθηκε στην Πρέβεζα για να συνοδεύσει τον μητροπολίτη Πρεβέζης, Δωρόθεο Μαμέλη, στην περιοχή του. Στις 6 Μαρτίου του 1909, εκφώνησε τον επικήδειο λόγο για την κηδεία του μητροπολίτη Κυζίκου, Αθανασίου Μεγακλή. Αυτός ήταν ο δεύτερος επικήδειος λόγος που εκφωνήθηκε από τον Αθανάσιο Πιπέρα και συνδέεται με την επαγγελματική του εξέλιξη.
Στη Μακεδονία, από το 1897, υπήρξε έντονη βουλγαρική προπαγάνδα κατά των σλαβόφωνων πληθυσμών που συνδέονται με το Πατριαρχείο. Το Πατριαρχείο, υπό την ηγεσία του Ιωακείμ Γ΄, αντιμετώπισε σοβαρά προβλήματα λόγω της προσπάθειας της Βουλγαρικής Εξαρχίας να επεκταθεί στη Μακεδονία. Η περίοδος της Πατριαρχίας του Ιωακείμ συνέπεσε με τον ένοπλο Μακεδονικό Αγώνα, ο οποίος εντάθηκε από το 1903 έως το 1908 με συγκρούσεις Ελλήνων και Βουλγάρων ανταρτών. Το Πατριαρχείο αντέτεινε τους Έλληνες ιεράρχες, όπως ο Γερμανός Καραβαγγέλης στην Καστοριά και ο Χρυσόστομος Καλαφάτης στη Δράμα, που υποστήριξαν την εθνική ταυτότητα και τα συμφέροντα των Ελλήνων.
Η επανάσταση των Νεότουρκων το 1908 προκάλεσε αλλαγές που επηρεάσαν το Πατριαρχείο, το οποίο προσπάθησε να προσαρμοστεί. Η πολιτική των Νεότουρκων δημιούργησε νέες προκλήσεις, με σκληρότερα μέτρα από τα προηγούμενα χρόνια. Στο πλαίσιο αυτών των αλλαγών, η θέση του μητροπολίτη Σερρών, που είχε καταληφθεί από τον δυναμικό Γρηγόριο Ζερβουδάκη, έπρεπε να συμπληρωθεί με έναν αξιόλογο ιεράρχη. Ο αρχιγραμματέας Αθανάσιος Πιπέρας προτάθηκε ως κατάλληλος υποψήφιος για τη μητρόπολη Σερρών, γνωρίζοντας καλά την κατάσταση της περιοχής λόγω της θέσης του στην Ιερά Σύνοδο και της εμπειρίας του.
Στις 12 Μαΐου του 1909, η Ιερά Σύνοδος του Οικουμενικού Πατριαρχείου στον Πατριαρχικό ναό του Αγίου Γεωργίου διενήργησε την εκλογή του νέου μητροπολίτη Κυζίκου, μετά το θάνατο του Αθανασίου Μεγακλή. Οι υποψήφιοι περιλάμβαναν τον μητροπολίτη Σερρών Γρηγόριο, τον μητροπολίτη Φιλιππουπόλεως Φώτιο και τον μητροπολίτη Βάρνης Νεόφυτο. Τελικά, ο Γρηγόριος Ζερβουδάκης επιλέχθηκε για τη θέση του Κυζίκου. Για τη θέση του μητροπολίτη Σερρών, προτάθηκαν οι μητροπολίτες Μεσημβρίας Τιμόθεος και Χαρίτων Ευκλείδης, καθώς και ο επίσκοπος Ελαίας Αγαθάγγελος και ο Κωνσταντίνος Βαλλιούλης. Τελικά, εκλέχθηκε ο αρχιγραμματέας Αθανάσιος Πιπέρας, ο οποίος είχε σπουδάσει στη Χάλκη και είχε προϋπηρεσία στη Θεολογική Ακαδημία του Κιέβου.
Η εκλογή του Αθανασίου Πιπέρα ως Μητροπολίτη Σερρών έγινε με θετική υποδοχή από τον τύπο της Θεσσαλονίκης. Ο εψηφισμένος Μητροπολίτης Αθανάσιος Πιπέρας, ο οποίος ανήκε στη νέα γενιά μορφωμένων κληρικών, ήταν ιδιαίτερα αγαπητός και εκτιμώμενος. Υπήρχε η πεποίθηση ότι θα συνεχίσει την επιτυχή και εθνωφελή πορεία του προκατόχου του. Η επαρχία Σερρών έμοιαζε τυχερή που απέκτησε έναν τέτοιο Μητροπολίτη.
Στις 17 Μαΐου 1909, κατά την Κυριακή της Πεντηκοστής, τελέστηκε η χειροτονία του νέου Μητροπολίτη Σερρών στον Πατριαρχικό ναό του Αγίου Γεωργίου στο Φανάρι. Η τελετή πραγματοποιήθηκε από τον Πατριάρχη Ιωακείμ Γ΄, με τη συμπαράσταση των μελών της Ιεράς Συνόδου, όπως οι Μητροπολίτες Νικομήδειας, Πισσιδείας, Διδυμοτείχου, Αγκύρας, Χίου, Βάρνης, Σωζοαγαθοπόλεως, Ελασσώνος, Προικοννήσου, Ηλιουπόλεως και Σαράντα Εκκλησιών. Στην ίδια τελετή χειροτονήθηκε επίσης πρεσβύτερος ο Αρχιγραμματεύς της Ιεράς Συνόδου, Απόστολος Τρύφωνος.
Ωστόσο, υπήρξε πρόβλημα με την αρχική άρνηση του πρώην Μητροπολίτη Σερρών, Γρηγορίου Ζερβουδάκη, να δεχτεί τη μετάθεσή του στη Γεροντική Μητρόπολη Κυζίκου, την οποία τελικά αποδέχτηκε στις 26 Μαΐου 1909.
Ο νέος Μητροπολίτης Σερρών, Αθανάσιος, εκπροσώπησε τον Πατριάρχη στην τελετή απονομής πτυχίων και βραβείων στο Ροβέρτειο Λύκειο, στις 10 Ιουνίου 1909. Μετά την τελετή, αναχώρησε για την έδρα του στις Σέρρες το Σάββατο 28 Ιουνίου. Στην πόλη των Σερρών, τριμελής επιτροπή αποτελούμενη από τους Αθανάσιο Νάσιουτζικ, Κωνσταντίνο Δεσποτίδη και Γεώργιο Ελευθερίου, μετέβη στη Δράμα για να τον υποδεχτεί. Ο χριστιανικός πληθυσμός, τα κοινοτικά σωματεία και οι σύλλογοι περίμεναν την υποδοχή του στον σιδηροδρομικό σταθμό.
Στην υποδοχή του Μητροπολίτη Αθανασίου, ο οποίος έφτασε συνοδευόμενος από τη μητέρα του, συμμετείχαν πολλοί πιστοί και εκπρόσωποι της πόλης. Η υποδοχή περιλάμβανε πομπή με άμαξες, φιλαρμονική, και τις χαιρετιστήριες ομιλίες του Δημοσθένη Μέλφου και του νέου Μητροπολίτη. Στη συνέχεια, ο Μητροπολίτης Αθανάσιος αναγορεύτηκε στην ενθρόνισή του στον μητροπολιτικό ναό των Αγίων Θεοδώρων, με πλήθος κόσμου και φιλαρμονική μουσική.
Δυστυχώς, παρά την ενθουσιώδη υποδοχή, η υγεία του Μητροπολίτη Αθανασίου άρχισε να επιδεινώνεται. Κατά την επίσκεψή του στη Νιγρίτα, παρουσίασε σοβαρά προβλήματα υγείας και αναγκάστηκε να επιστρέψει στην έδρα του. Παρά τις προσπάθειες των γιατρών και των ιερέων για την ανάρρωσή του, ο Μητροπολίτης υπέφερε από οξεία νεφρίτιδα και τελικά απεβίωσε στις 16 Αυγούστου 1909.
Η είδηση του θανάτου του μεταδόθηκε άμεσα στην πατριαρχική αυλή και στον Μητροπολίτη Θεσσαλονίκης. Ο θάνατός του έγινε γνωστός στην πόλη, με τις καμπάνες των εκκλησιών να χτυπούν πένθιμα και πλήθη κόσμου να συγκεντρώνονται για να αποχαιρετίσουν τον ποιμενάρχη τους. Η εξόδιος ακολουθία πραγματοποιήθηκε με την παρουσία του Μητροπολίτη Μελενίκου, του κλήρου της πόλης, των πολιτικών και στρατιωτικών αρχών, καθώς και του κόσμου. Στην τελετή συμμετείχαν επίσης η Εβραϊκή κοινότητα και άλλοι φορείς της πόλης.
Μετά την εξόδιο ακολουθία, το σκήνωμα του Μητροπολίτη Αθανασίου περιφέρθηκε γύρω από το μητροπολιτικό ναό, ενώ η φιλαρμονική και οι τοπικές αρχές συνοδεύουν την πομπή. Ο επικήδειος λόγος του καθηγητή Ευάγγελου Τσούπη και οι αποχαιρετιστήριες τελετές συγκίνησαν τα πλήθη, και η οικογένεια του εκλιπόντος εξέφρασε τις ευχαριστίες της προς όλους όσους συντέλεσαν στη διοργάνωση της κηδείας.
