Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης έγραψε στον Εμμανουήλ Παπά, προσκαλώντας τον στον αγώνα για την απελευθέρωση της Ελλάδας, 8 Οκτωβρίου 1820
Τον Δεκέμβριο του 1819 ο Εμμανουήλ Παπάς μυήθηκε στη Φιλική Εταιρεία από τον Κωνσταντίνο Παπαδάτο. Η πρώτη ενέργεια του Παπά ως μέλος της εταιρίας, ήταν η προσφορά 1.000 γροσιών για την ενίσχυση του αγώνα. Η μύησή του σημειώνεται με τα εξής στοιχεία: "Εμμανουήλ Παπάς, Σέρραλης Χρόνων 47. Δια Κων/νου Παπαδάτου. 1819 Δεκεμβρίου 21. Κωνσταντινούπολης. Τω Αγίω Χρυσάνθω εις Σέρρας. Γρόσια 1000". Στην Κωνσταντινούπολη ο Παπάς συνεργάστηκε με τους Φιλικούς Κ. Κουμπάρη και Γ. Σταματά και προχώρησαν στη μύηση και άλλων μελών, ενώ σύμφωνα με τις υποδείξεις του Αλέξανδρου Υψηλάντη, οργάνωσαν ταμείο για να βοηθήσουν τον αγώνα. Με τα μέσα που διέθετε ο Παπάς, κατορθώνει μέσω της Πύλης να εισπράξει μεγάλο μέρος από το χρέος του Γιουσούφ Μπέη των Σερρών (500.000 χρυσές δραχμές), τις οποίες και διαθέτει επίσης εξ ολοκλήρου στον εθνικό αγώνα. Στο μεταξύ η φήμη του για την πατριωτική του δράση είχε φτάσει σε κάθε άκρη της Ελλάδας. Είχε εκπονήσει μάλιστα και σχέδιο για δολοφονική απόπειρα κατά